Получилось отрисовать, действительно пришлось создавать свой контекст. Оказывается в imgui есть возможность рисовать без использования сторонних библиотек, только средствами чистого opengl, но возникает проблема с обработкой событий. Я нашел Пример (ссылка почему-то открывается только через vpn) с использованием хука SDL для перехвата событий, но в моей целевой игре не используется SDL, поэтому я просто использовал глобальный хук мыши и клавиатуры.
Если кому надо: так же имеется пример отрисовки на чистом opengl https://github.com/ocornut/imgui/pull/1553/files